复合碳源和单一碳源的区别在于：

单一碳源是只含有一种有效物质的碳源;复合碳源是由两种或两种以上有机营养物质组成的新型碳源。

1.复合碳源具有稳定水质，丰富菌群，缩短驯化时间，无毒无害的特性。

2.复合碳源是由小分子酸、糖类、短链醇类组成。具有极高的可生化性及经济性，可完全替代乙酸、乙酸钠、葡萄糖等传统碳源。

3.有利于生化系统菌种培养及修复，促进系统的稳定运行；

4.复合碳源可同时满足微生物不同的营养需求，这一点对于单一碳源来说却很难。